Na escola shibusen, localizada no estado americano de nevada, munidos de suas respectivas armas, as artesãs e os artesãos maka albarn e soul eater evans; black star e tsubaki nakatsukasa; e death the kid, patti thompson e lizzy thompsoncriada lutam para eliminar os ovos de kishins, seres que usam a alma de humanos para se tornarem mais poderosos, e bruxas que vivem aterrorizando o mundo.