Rin e seus colegas exorcistas são pegos em uma guerra secreta contra as forças das trevas.
Criado pelo padre Fujimoto, um exorcista famoso, Rin Okumura nunca conheceu seu pai verdadeiro. Um dia, uma discussão fatídica com o Padre Fujimoto força Rin a enfrentar uma terrível verdade - o sangue do senhor demônio Satanás corre nas veias de Rin! Rin jura derrotar Satanás, mas fazer isso significa entrar na misteriosa Academia True Cross e se tornar um exorcista.
Agora de volta ao presente, e com o terrível e trágico conhecimento da verdade sobre o nascimento dele e de seu irmão, Rin confronta Yukio a bordo da aeronave Illuminati atingida, Dominus Liminis. Enquanto os irmãos se enfrentam, Satanás faz o possível para levá-los ainda mais em suas garras. Rin quer trazer Yukio de volta ao rebanho dos Cavaleiros da Verdadeira Cruz, mas Yukio está firme em seu desejo de forçar Rin a matá-lo. Com a aeronave caindo em chamas, a batalha pela alma de Yukio começa .